Hạch toán kế toán dịch vụ y tế đang trở thành yêu cầu cấp thiết khi Thông tư 99/2025/TT-BTC chính thức có hiệu lực, thay thế các quy định cũ về chế độ kế toán hành chính sự nghiệp. Việc nắm bắt kịp thời các nguyên tắc mới không chỉ giúp đơn vị y tế tuân thủ pháp luật mà còn nâng cao hiệu quả quản lý tài chính. Bài viết dưới đây sẽ cung cấp hướng dẫn chi tiết và cập nhật nhất, cùng Luật ACC đồng hành giải quyết mọi vướng mắc.

1. Hướng dẫn hạch toán kế toán dịch vụ y tế mới

Theo quy định tại Luật Kế toán 2015 và Thông tư 99/2025/TT-BTC, việc hạch toán kế toán dịch vụ y tế có những thay đổi quan trọng so với trước đây. Các đơn vị sự nghiệp công lập hoạt động trong lĩnh vực y tế cần đặc biệt lưu ý đến việc phân loại nguồn thu, cách thức ghi nhận doanh thu và chi phí theo đúng bản chất hoạt động.

Thông tư 99/2025/TT-BTC hướng dẫn chi tiết về chế độ kế toán áp dụng cho các đơn vị hành chính sự nghiệp, trong đó có các cơ sở khám chữa bệnh. Điểm mấu chốt là việc xác định hoạt động dịch vụ y tế là hoạt động thu phí theo giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh do cơ quan có thẩm quyền quy định hay là hoạt động sản xuất kinh doanh dịch vụ. Từ đó, kế toán viên sẽ lựa chọn tài khoản phù hợp để phản ánh chính xác dòng tiền và kết quả hoạt động.

Cụ thể, đối với các khoản thu từ dịch vụ khám chữa bệnh theo yêu cầu, dịch vụ chăm sóc sức khỏe, thẩm mỹ… không thuộc danh mục do Nhà nước định giá, đơn vị cần hạch toán như một hoạt động sản xuất kinh doanh. Ngược lại, các khoản thu từ giá dịch vụ khám chữa bệnh theo quy định của Bộ Y tế và Bộ Tài chính sẽ được hạch toán vào hoạt động thu phí. Việc phân biệt này ảnh hưởng trực tiếp đến cách xác định thuế và các chỉ tiêu báo cáo tài chính.

2. Nguyên tắc kế toán và tài khoản sử dụng

Để thực hiện hạch toán kế toán dịch vụ y tế đúng chuẩn mực, kế toán viên cần nắm vững các nguyên tắc kế toán cơ bản được quy định tại Luật Kế toán 2015. Nguyên tắc cơ sở dồn tích, nguyên tắc phù hợp giữa doanh thu và chi phí, nguyên tắc thận trọng là những nền tảng không thể bỏ qua. Mọi nghiệp vụ kinh tế phát sinh liên quan đến hoạt động dịch vụ y tế phải được ghi nhận tại thời điểm phát sinh, không căn cứ vào thời điểm thu hoặc chi tiền.

Theo Thông tư 99/2025/TT-BTC, các tài khoản chủ yếu được sử dụng trong hạch toán kế toán dịch vụ y tế bao gồm:

• Tài khoản 511 – Thu hoạt động do Nhà nước đặt hàng, giao nhiệm vụ hoặc đấu thầu theo giá tính thuế (đối với dịch vụ khám chữa bệnh theo yêu cầu).
• Tài khoản 531 – Thu phí được khấu trừ, được bổ sung nguồn kinh phí (đối với các khoản thu phí theo quy định).
• Tài khoản 611 – Chi phí hoạt động sản xuất kinh doanh, dịch vụ.
• Tài khoản 911 – Xác định kết quả hoạt động.

Việc lựa chọn tài khoản phụ thuộc vào bản chất từng nghiệp vụ kinh tế. Ví dụ, khi thu tiền dịch vụ khám chữa bệnh theo yêu cầu, kế toán ghi Nợ TK 111, 112 và Có TK 511. Đối với chi phí phát sinh như tiền lương nhân viên, thuốc men, vật tư tiêu hao phục vụ dịch vụ, kế toán ghi Nợ TK 611 và Có các TK liên quan. Cuối kỳ, kết chuyển doanh thu và chi phí sang TK 911 để xác định kết quả hoạt động.

3. Quy trình hạch toán chi tiết các nghiệp vụ phát sinh

Quy trình hạch toán kế toán dịch vụ y tế được thực hiện theo các bước cụ thể nhằm đảm bảo tính chính xác và minh bạch. Dưới đây là hướng dẫn chi tiết từng bước:

• Bước 1: Xác định loại hình dịch vụ và nguồn thu. Kế toán cần phân loại rõ từng khoản thu phát sinh thuộc nhóm dịch vụ khám chữa bệnh theo yêu cầu (hạch toán như hoạt động sản xuất kinh doanh) hay dịch vụ thu phí theo quy định. Việc xác định này dựa trên hợp đồng dịch vụ, quyết định của cơ quan có thẩm quyền và các văn bản pháp lý liên quan. Sai sót trong bước này sẽ dẫn đến việc ghi nhận sai tài khoản và ảnh hưởng đến số liệu báo cáo tài chính.
• Bước 2: Lập chứng từ kế toán cho các nghiệp vụ thu. Khi phát sinh khoản thu từ dịch vụ y tế, kế toán lập các chứng từ như hóa đơn bán hàng, phiếu thu, biên lai thu tiền theo đúng quy định của pháp luật về hóa đơn. Chứng từ phải ghi rõ nội dung dịch vụ, số tiền, thuế suất (nếu có) và các thông tin cần thiết khác. Đối với các khoản thu không phát sinh hóa đơn, cần có bảng kê chi tiết kèm theo chứng từ thanh toán.
• Bước 3: Ghi nhận doanh thu và các khoản giảm trừ. Căn cứ vào chứng từ đã lập, kế toán tiến hành ghi nhận doanh thu vào các tài khoản phù hợp. Đối với dịch vụ theo yêu cầu, ghi Nợ TK 111, 112, 131 và Có TK 511, đồng thời ghi nhận thuế GTGT phải nộp (nếu có). Đối với dịch vụ thu phí, ghi Nợ TK 111, 112 và Có TK 531. Các khoản giảm trừ doanh thu như chiết khấu, giảm giá cần được theo dõi riêng trên các tài khoản phản ánh khoản giảm trừ.
• Bước 4: Tập hợp chi phí phát sinh cho hoạt động dịch vụ. Kế toán tập hợp toàn bộ chi phí liên quan trực tiếp và gián tiếp đến hoạt động cung cấp dịch vụ y tế. Chi phí bao gồm tiền lương và các khoản trích theo lương của nhân viên y tế, chi phí thuốc, vật tư, hóa chất, chi phí khấu hao tài sản cố định, chi phí điện nước, chi phí quản lý… Các chi phí này được ghi nhận vào TK 611 hoặc các TK chi phí liên quan theo đúng quy định tại Thông tư 99/2025/TT-BTC.
• Bước 5: Xác định kết quả hoạt động và lập báo cáo. Cuối kỳ kế toán, thực hiện kết chuyển doanh thu và chi phí sang TK 911 để xác định kết quả hoạt động. Số chênh lệch giữa doanh thu và chi phí sẽ phản ánh lãi hoặc lỗ của hoạt động dịch vụ y tế. Kết quả này được sử dụng để lập báo cáo tài chính, báo cáo quyết toán và là cơ sở để đánh giá hiệu quả hoạt động của đơn vị.

4. Những lưu ý quan trọng khi thực hiện hạch toán

Khi thực hiện hạch toán kế toán dịch vụ y tế, các đơn vị cần đặc biệt lưu ý đến việc tuân thủ các quy định về chứng từ kế toán theo Luật Kế toán 2015. Chứng từ phải đầy đủ nội dung, chữ ký của người lập, người phê duyệt và được lưu trữ theo đúng thời hạn quy định. Việc lập chứng từ điện tử cũng cần đảm bảo tính pháp lý theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử.

Một lưu ý quan trọng khác là việc phân bổ chi phí chung cho từng loại dịch vụ. Trong trường hợp đơn vị cung cấp nhiều loại dịch vụ khác nhau, cần xây dựng tiêu thức phân bổ hợp lý như theo doanh thu, theo số giường bệnh, theo số bệnh nhân… Tiêu thức phân bổ phải được quy định rõ trong quy chế quản lý tài chính nội bộ của đơn vị và được áp dụng nhất quán trong kỳ kế toán.

Ngoài ra, theo Thông tư 99/2025/TT-BTC, các đơn vị y tế cần chú ý đến việc hạch toán các khoản thu từ bảo hiểm y tế. Khoản thu này cần được theo dõi riêng và quyết toán đúng theo hợp đồng khám chữa bệnh bảo hiểm y tế đã ký với cơ quan bảo hiểm xã hội. Việc tách bạch giữa nguồn thu bảo hiểm y tế và các nguồn thu khác giúp đơn vị kiểm soát tốt hơn dòng tiền và thực hiện quyết toán chính xác.

5. Câu hỏi thường gặp

Hạch toán chi phí khám chữa bệnh theo yêu cầu khác gì so với chi phí khám chữa bệnh thông thường?

Chi phí khám chữa bệnh theo yêu cầu được hạch toán như chi phí hoạt động sản xuất kinh doanh, ghi nhận vào TK 611 và được xác định kết quả kinh doanh riêng. Trong khi đó, chi phí khám chữa bệnh thông thường sử dụng nguồn ngân sách nhà nước hoặc quỹ bảo hiểm y tế được hạch toán theo quy định về chi hoạt động thường xuyên của đơn vị sự nghiệp công. Việc phân biệt này giúp đơn vị xác định đúng giá thành dịch vụ và hiệu quả của từng loại hình hoạt động.

Thông tư 99/2025/TT-BTC có thay đổi gì về biểu mẫu báo cáo tài chính cho đơn vị y tế?

Thông tư 99/2025/TT-BTC ban hành hệ thống biểu mẫu báo cáo tài chính mới, thay thế các biểu mẫu cũ theo Thông tư 107/2017/TT-BTC. Các đơn vị y tế cần cập nhật và sử dụng đúng biểu mẫu mới theo quy định. Biểu mẫu mới có một số điều chỉnh về chỉ tiêu phản ánh để phù hợp với chế độ kế toán mới, đặc biệt là các chỉ tiêu liên quan đến hoạt động dịch vụ và kết quả hoạt động.

Đơn vị y tế tư nhân có bắt buộc áp dụng Thông tư 99/2025/TT-BTC không?

Thông tư 99/2025/TT-BTC áp dụng cho các đơn vị hành chính sự nghiệp, bao gồm các cơ sở y tế công lập. Đối với các cơ sở y tế tư nhân, việc hạch toán kế toán được thực hiện theo chế độ kế toán doanh nghiệp (Thông tư 200/2014/TT-BTC hoặc Thông tư 133/2016/TT-BTC) và các chuẩn mực kế toán hiện hành. Tuy nhiên, các cơ sở y tế tư nhân vẫn phải tuân thủ Luật Kế toán 2015 và các quy định pháp luật liên quan đến hoạt động khám chữa bệnh.

Hạch toán kế toán dịch vụ y tế là một quy trình phức tạp đòi hỏi sự am hiểu sâu sắc về pháp luật kế toán và đặc thù ngành y tế. Việc áp dụng đúng các quy định mới tại Thông tư 99/2025/TT-BTC sẽ giúp đơn vị hoạt động hiệu quả và minh bạch. Nếu còn bất kỳ thắc mắc nào, hãy liên hệ Luật ACC để được đội ngũ chuyên gia pháp lý giàu kinh nghiệm tư vấn và hỗ trợ kịp thời, đảm bảo mọi hoạt động tài chính của đơn vị luôn tuân thủ đúng quy định.